Na místě dnešního zámku stával hrad, o němž je první zmínka z roku 1253 spojená se jménem Vítka staršího, jenž pocházel z krumlovské větve rodu Vítkovců - jejich erb zelená růže na stříbrném poli. Hrad byl vystavěn na skalnatém ostrohu nad brodem přes Vltavu a zvenčí byl chráněn příkopem vylámaným se skále s hradbou. Za ní bylo obytné stavení, palác, z něhož byl v prvním patře přístup po padacím mostě do sousední válcové věže, jež se později stala součástí renesančního Hrádku. Po Vítkově smrti v roce 1277 a obou jeho bezdětných synů Jindřicha a Vítka převzal jejich nevelký majetek roku 1302 se souhlasem krále Václava II. příbuzný Jindřich z Rožmberka, který měl v erbu červené růže ve stříbrném poli a přenesl své sídlo z Rožmberka na Krumlov.

Nový majitel se v politickém životě přikláněl na tu stranu, kde viděl, že mu kyne osobní prospěch a zvětšení rodinného majetku. Spolu s příbuznými Vítkovci se postavil roku 1276 proti králi Přemyslu Otakarovi II. Po jeho smrti v roce 1278 se smířil se zemským správcem Otou Braniborským roku 1282, ale už v roce 1283 se stal stoupencem mladého kralevice Václava a setrval při něm v naději, že nový panovník odmění jeho služby. Po zavraždění krále Václava II. v roce 1306 se přidal na stranu Rudolfa Habsburského, avšak už v roce 1307 přešel k Jindřichu Korutanskému. Ještě před svou smrtí v roce 1310 zase vyjednal jménem Jindřichových protivníků s císařem Jindřichem VII. o obsazení českého trůnu. Jindřichův syn Petr z Rožmberka (úmrtí 1347) dal vystavět nad starým hradem nový Horní hrad s kaplí svatého Jiří, jehož palác byl na protilehlých kopcích, východním a západním, zajištěn hranolovými věžemi. Nový a starý hrad spojoval most přes příkop.

V té době také skončil vývoj podhradí v město, jež je poprvé uváděno v roce 1274. V tomto rozsahu převzal a uchoval rodové sídlo Petrův syn Jindřich z Rožmberka, jenž svými politickými názory a činy připomínal svého stejnojmenného děda Jindřicha. Jako významný člen panské jednoty zajal roku 1394 krále Václava IV. a přechodně jej držel na svých hradech Příběnicích a Krumlově, než jej odvezl do Rakous. Roku 1395 vystoupil proti panovníkovi i vojáky, ale nakonec se s ním smířil a dvakrát zastával důležitý úřad nejvyššího purkrabího. Po Jindřichově smrti v roce 1412 převzal správu rozsáhlého rodinného majetku roku 1418 po dosažení plnoletosti Oldřich. Oldřich z Rožmberka byl zprvu stoupencem strany podobojí. Ještě v roce 1420 vydal spolu se svým bývalým poručníkem Čeňkem z Vartemberka a pražany prohlášení odmítající krále Zikmunda. Brzy se však kalicha odřekl, poddal se Zikmundovi a stal se úhlavním nepřítelem táborské radikální strany.

Válčil s husity se střídavým štěstím. Roku 1422 se pokusil Jan Žižka zmocnit se  krumlovského hradu lstí, ale neúspěšně. Po Zikmundově smrti v roce 1437 se Oldřich zasadil o přijetí uherského krále a vévody rakouského Albrechta za českého krále a když zemřel v roce 1439, o uznání jeho syna Ladislava Pohrobka. V touze po zvětšení majetku a moci dal Oldřich z Rožmberka padělat listiny o údajném darování a privilegiích, které udělili čeští králové jeho předkům.Oldřichovu bezohlednost dokládá případ jeho nepřítele Jana Snila z Křemže, kterého lstivě vylákal na Krumlov, kde jej uvěznil a nakonec dal popravit, aby se beztrestně zmocnil jeho majetku. Oldřich zemřel v roce 1462. Za Oldřicha z Rožmberka pokračoval vývoj krumlovského hradu výstavbou trojkřídlého paláce v letech 1444-1447, navazujícího na starší Petrovo stavení a tak vzniklo druhé hradní nádvoří.

Za vlády krále Jiřího z Poděbrad, kdy se střetávaly zájmy panské zelenohorské jednoty se zájmy strany královské, se Oldřichovi dědicové nesnadno trvale orientovali na jeden ze zápasících táborů, neměl-li být rodinný majetek ohrožen. Na rozdíl od svého otce Oldřicha nevázal se jeho syn Jan tak důsledně na program katolických pánů. Ohledy na majetek jej však nutily, aby se na konec roku 1468 přihlásil k protikráli Matyáši Korvínovi, ale škody způsobené na rožmberských panstvích vojsky straníků Jiřího z Poděbrad donutily Jana z Rožmberka roku 1469 k jednání příměří s králem. Jan z Rožmberka, který zemřel v roce 1472 a pak ještě Jindřich 1456-1489 museli řešit obtížnou situaci zástavami a prodejem drobnějších statků. Když se majetkové poměry rodu zlepšily, mohl Petr II. z Rožmberka (1462-1523) provést v letech 1506-1513 jednak přestavbu paláce Horního hradu snad podle návrhu Ulricha Pesnitzera, stavitele bavorského vévody, jednak zlepšit opevnění celého hradu a předhradí. Z té doby je zachován arkýř na druhém hradním nádvoří se znaky stavebníka, jeho manželky Alžběty z Kravař a pánů z Pernštejna.

Nové významné období na Krumlově nastalo za vlády Viléma z Rožmberka /1535-1592/, jednoho z nejvýraznějších představitelů renesanční společnosti v Čechách. V zemské vládě zastával řadu významných úřadů: roku 1553 byl jmenován hejtmanem Prácheňského kraje, roku 1560 se stal nejvyšším komorníkem a roku 1570 nejvyšším purkrabím. Habsburkové mu svěřovali některé důležité diplomatické úkoly: v letech 1572-1575  doporučoval Polsku habsburského kandidáta a v roce 1579 tam dosáhl vysvobození arciknížete  Maximiliána, zvoleného částí  polské šlechty za krále ,ze zajetí. V letech 1574-1575 zajišťoval v Sasku a Braniborsku zvolení Rudolfa II. za německého císaře. Rodinný majetek zvětšil Vilém z Rožmberka zejména koupí panství Vimperka v roce 1554, Libějovic v roce 1559, Roudnice nad Labem a Stráže v roce 1577. Nový směr v režijním hospodářství se zvláštním zaměřením na rybníky a pivovary jako nejvýnosnější odvětví zemědělského podnikání a příjem ze stříbrných dolů u Krumlova a u Budějovic poskytovaly rožmberskému vladaři , též přičiněním jeho regenta Jakuba Krčína, dostatek prostředků na nákladné stavby na panstvích.

První stavební práce za Viléma z Rožmberka řídil na Krumlově na začátku 50.let 16.století italský stavitel Antonio, a to v paláci Horního hradu. V jednom z rožmberských pokojů tohoto traktu, v nichž se zachovaly renesanční fresky malované Gabrielem de Blonde, jsou výjevy ze Starého zákona podle dřevorytů švýcarského rytce Asmanna. Ve druhém renesančním období se uplatnil  při úpravách Horního hradu architekt Baltazar Maggi. Příkop mezi Horním a Dolním hradem byl zasypán  a na místě dřívějšího dřevěného mostu byla vystavěna klenutá chodba  a na jejich koncích osazeny bosované portály.  U Dolního hradu bylo zčásti na staré hradbě vybudováno jednopatrové purkrabství v roce 1580, přiléhající těsně ke staré věži, která byla zvýšena o arkádový ochoz. Zachované stavební památky na Krumlově a na rožmberských panstvích vůbec svědčí o zájmu  Viléma z Rožmberka o umění. Třebaže byl čtyřikrát ženatý, neměl přímé dědice a zemřel v roce 1592. Vilémův dědic byl bratr Petr Vok, který převzal veliký majetek .

 V roce 1602 prodává krumlovské panství císaři Rudolfu II.V držení habsburského rodu byl Krumlov 20 let. Císař Rudolf II. umístil na krumlovský zámek svého levobočka dona Julia dÁustria , který v návalu šílenství zavraždil svou milenku  Markétu Pichlerovou a to v roce 1609 na Krumlově v internaci zemřel. Roku 1611 opanovalo Krumlov pasovské vojsko. V roce 1614 se na zámku zdržoval císař Matyáš. Roku 1618 opevňoval Krumlov generál hrabě Karel Bonaventura Buquoy. Ačkoliv  se stavovské vojsko pokusilo Krumlov v letech 1618-1619 dobýt, zůstal v císařských rukou. Vítězný císař Ferdinand II. věnoval roku 1622 krumlovské panství hraběti Janu Oldřichu z Eggenberku a současně jej povýšil na knížete. S Janem Oldřichem z Eggenberku (1568-1634) přišla do Krumlova cizí šlechta, která neměla vztah k místnímu obyvatelstvu. Roku 1675 dostal stavitel Giacomo de Maggi od knížete Jana Kristiána příkaz k celkové nové úpravě Horního hradu.  Koncem 17.století bylo také rozhodnuto o půdorysné dispozici zámecké zahrady založené na západ od zámku.

 V té době měla tvar  protáhlého obdélníku  a byla rozdělena terasou do dvou částí. V horní části zahrady byl v letech 1706-1707 postaven pavilón zvaný Bellarie. Stavební činnost ve slohu baroka, tak bohatě rozvinutou za posledního Eggenberka Jana Kristiána,který zemřel roku 1710 a také zásluhou jeho manželky Marie Arnoštky rozené ze Schwarzenberku. Po Eggenbercích zůstala na krumlovském zámku cenná knihovna, která však jen zčásti nahradila rožmberskou knihovnu uloupenou Švédy v roce 1648 v Praze. Odkazem bezdětné Marie Arnoštky, vdovy po knížeti Janu Kristiánovi z Eggenberku, dostal se rozsáhlý rodinný majetek do rukou synovce Adama Františka ze Schwarzenberku.Po jeho smrti v roce 1723, kdy ho na honu postřelil císař Karel VI. se stal majitelem jeho syn  Josef Adam (1722-1782). Za něho byla v roce 1728 až 1730 zahájena stavební činnost.

V roce 1747 byla před vstupem do zámecké zahrady vystavěna jízdárna. Od druhé poloviny 18.století přestával být krumlovský zámek trvalým sídlem Schwarzenberků, od roku 1888 i sídlem přechodným. Dokladem péče majitelů zámku však byly restaurace maleb na budovách v roce 1842, oprava fresek na dnešním třetím a čtvrtém nádvoří v druhé polovině 19.století a konečně jejich restaurování vídeňským malířem Theofilem Melicherem v letech 1909-1914. Posledním majitelem zámku ze schwarzenbeského rodu byl Adolf Schwarzenberk (1890-1950), jemuž byl majetek v roce 1940 konfiskován gestapem a na Krumlov dosazena nucená správa. Hned v prvních květnových dnech roku 1945 byl zámek vzat pod českou  národní správu, zvláštním zákonem roku 1947 převeden do zemského vlastnictví a po zrušení zemského zřízení se od ledna 1950 stal majetkem československého státu.

Těžko hledat slova, kterými by se dalo pokud možno věrně vyjádřit mimořádné kouzlo této perly českých měst, městské památkové rezervace a památky UNESCO (zapsán v roce 1992). Český Krumlov je třeba vidět na vlastní oči, toulat se jeho malebnými uličkami s nespočtem památkových objektů a nasáknout jeho specifickou atmosféru.