První zmínka o hradu je z roku 1234, mezi prvními správci hradu se jmenují Konrád (1238) a Vlček (před rokem 1243). Po nich následoval do roku 1259 dlouholetý purkrabí Hrz.

Hrad pojmenovaný v roce 1250 v duchu panující módy Klingenberk se záhy dostal také do dějin země.  Za ostrého konfliktu mezi králem Václavem I. a jeho ctižádostivým synem Přemyslem, který se spojil s částí nespokojené šlechty v roce 1249 z králova rozkazu na hradě zadrženi Přemyslovi vyjednávači v čele sám králevic Přemysl. Odboj skončil nuceným smírem mezi královským otcem a pokořeným synem. Snaha získat královské hrady alespoň do zástavního držení došla uplatnění za nejisté vlády českých králů po vymření Přemyslovců.

Jindřichu z Rožmberka se podařilo již za krátké vlády Rudolfa Habsburského dosáhnout souhlasu k zástavnímu držení Zvíkova. Také Petr z Rožmberka (manžel ovdovělé královny Violy Těšínské) byl v podobném snažení úspěšný a tak od roku 1307 drželi Rožmberkové zvíkovský hrad nadále, byť vždy jen doživotně. Karel VI. se snažil v letech 1334-1336 získat Zvíkov zpět a usiloval o to i později,když se ujal vlády. Avšak potíže s úhradou Rožmberských nároků a také taktický ohled na významného člena rodu, s nímž neměli již Karlovi předchůdci na  českém trůně právě nejlepší zkušenosti,nakonec znamenaly, že hrad, k němuž patřilo 32 vesnic v širokém okolí od Mirovic k Písku, zůstal nadále v rožmberské zástavě.

Za zneklidněných poměrů v zemi na sklonku 14.století, kdy králova autorita značně trpěla, došlo k zesílení zevního opevnění hradu. Král Václav VI. ustanovil purkrabím na Zvíkově Jana Hájka z Hodětína.Bezpečnost Zvíkova byla zajištěna a posílena organizací početných zvíkovských manů, povinných vojenskou službou na hradě. Roku 1424 Hájek sjednal s tábory příměří. O dobytí hradu se husité ani nepokusili. Podle podvržené listiny z roku 1437 král Zikmund povolil Oldřichovi z Rožmberka, aby za 4 tisíce kop grošů vylepšil opevnění hradu. Tehdy byl vystavěn parkán  podél severní hradby,zesílený pěti čtverhrannými dovnitř otevřenými baštami. Současně byla na západní straně vystavěna třípatrová hranolová věž zvaná Červená, spojená v prvním patře s ochozem na hradbě.

V roce 1440 mistr Domek z Mirovic vystavěl novou bránu, byl nasypán val před hradbou (1456) a ve skále před vstupní branou byl vyhlouben příkop (1457). Zvíkov se stal místem důležitých politických porad. Zde jednal v roce 1446 Oldřich z Rožmberka s Alešem ze Šternberka o vydání krále Ladislava císařem Fridrichem. Jiné jednání se konalo v roce 1450. Roku 1457 král Ladislav ujistil Jindřicha z Rožmberka,že nevyplatí Zvíkov ze zástavy, dokud by on nebo jeho bratři Jan a Jošt z Rožmberka ještě žili. V roce 1473 Jindřich z Rožmberka přenechal svému strýci Bohuslavu ze Švamberka zvíkovskou zástavu s milevským klášterstvím. Rod ,který měl v erbu bílou labuť, pak držel Zvíkov až do pobělohorských konfiskací.Švamberské období bylo významným přínosem v dějinách hradu.

Ten se stal sídlem vrchnosti a v jeho zdech se rozproudil bohatý a pestrý život společnosti na sklonku středověku a počátku renesance. Zvíkov ztrácel význam nedobytného hradu. Za Bohuslava ze Švamberka vznikla většina dodnes zachovaných nástěnných maleb v síních, radní kapli a ambitu hradního nádvoří.Hrad Zvíkov byl střediskem velkého panství. V hradním areálu byl vystavěn (1550) pivovar (dnes v rozvalinách). V novém renesančním slohu byl přebudován hradní palác (1551 až 1597) prováděl stavitel Hons Vlach. V roce 1574 královská komora prodala dosavadní zvíkovské panství s hradem Kryštofu ze Švamberka (úmrtí 1582) do dědičného držení.

Jim však zvíkovskoorlická větev rodu vymřela a v roce 1592 přešlo zvíkovské panství dědictvím po Petru ze Švamberka na Jana Jiřího ze Švamberka z větve borské. Po jeho smrti v roce 1617 dědil majetek syn Petr, který se aktivně účastnil českého stavovského povstání v letech 1618-1620. Oba své hrady Zvíkov a Orlík osadil početnými posádkami , která se vítěznému nepříteli nevzdaly a vzdorovaly. Zvíkov kapituloval jako poslední až v létě 1622 a tím skončilo slavné a hrdinské období hradu. Císařskými vojáky byl Zvíkov po vzdání vypleněn a značně poškozen, včetně bohatého švamberského archívu, který v roce 1616 uspořádal bývalý rožmberský archivář Václav Březan. Zvíkov přestal za Eggenberků (od roku 1622) sloužit jako sídlo vrchnosti a ani za Schwarzenberků od roku 1719 nestal se ani správním střediskem spojeného panství orlicko-zvíkovského.

Strategický význam si podržel ještě jednou za třicetileté války jako důležitý opěrný bod, který byl trvale osazen vojenskou posádkou. V roce 1741 byl Zvíkov krátce obsazen okupační francouzskou posádkou, ale jeho význam stále víc upadal. Na podzim roku 1751 zhoubný požár zničil skoro všechny hospodářské budovy na druhém hradním nádvoří. Udržování rozsáhlých budov a opevnění nebyla věnována žádná pozornost. V roce 1777 byl postaven kamenný most před vstupní branou. Podle dochovaných písemných zpráv z první poloviny 19.století chátrání zvíkovských budov pokračovalo. K záchraně hradu Zvíkova přikročil v letech 1840-1844 kníže Karel Swarzenberk a dal opravit Hlízovou věž, věž Hlásku a zastřešit hradní kapli.

Po nejnutnějších zabezpečovacích pracích došlo rozsáhlejším opravám až do roku 1880, kdy byl obnoven raně gotický ambit vnitřního nádvoří.Hrad Zvíkov byl do roku 1948 majetkem Swarzenberků a od roku 1950 je státním hradem. V letech 1955-1959 a také v roce 1973 byl prováděn archeologický výzkum a prokázal existenci rozsáhlého hradiště. V královském paláci jsou expozice o historii hradu, archeologické nálezy a dobový mobiliář. Také se zde natáčela pohádka MARIE RŮŽIČKA.