Počátky výstavby hradu spadají až do poslední čtvrtiny 12.století.Jeho stavebníky byli feudálové význačného rodu Bavorů, kteří hrad stavěli nejen jako své rodové sídlo, ale i jako sídlo svých chráněnců, johanitských rytířů. Bavor I. s přídomkem ze Strakonic v letech 1253-1260 purkrabí na Zvíkově se objevuje v historických pramenech poprvé roku 1235. Byl nejvyšším komorníkem Království českého, správcem Prácheňského kraje.Roku 1243 daroval johanitským rytířům část strakonického hradu s přilehlým kostelem a asi vesnicemi v nejbližším okolí Strakonic.

Význam a důležitost bavorského rodu byly umocněny blízkým příbuzenstvím s Přemyslovci.Bavorův syn Bavor II. se oženil s levobočnou dcerou krále Přemysla Otakara II. Anežkou. Byl nejvyšším maršálkem a snad i zvíkovským purkrabím. Jemu se přičítá gotická přestavba hradního paláce.Zemřel roku 1279 nebo 1289. Jeho nástupcem v držení strakonického panství se stal nejstarší syn Bavor III. Majetek spravoval až do roku 1313, kdy jej rozdělil tak, že si ponechal Bavorov, bratru Vilémovi odevzdal Strakonice a Bratru Mikuláši Blatnou. Také Bavor III. byl zvíkovským purkrabím a podporoval přemyslovskou politiku. Snad se účastnil jednání v roce 1301 o kandidatuře Václava III. na uherský trůn. Na řece Blanici založil roku 1334 město Bavorov, které se stalo později jeho sídlem. Po vymření Přemyslovců v roce 1306 a za bojů o uprázdněný český trůn patřil Bavor III. mezi přední odpůrce Rudolfa Habsburského. Proto byl jeho vojskem obklíčen v roce 1307 v Horažďovicích. Za obléhání města při kterém Habsburk zemřel, Bavor kapituloval a byl zbaven zvíkovského purkrabství.

Výstavba tak rozsáhlého komplexu strakonického hradu za prvních Bavorů byla nepochybně dlouhodobá.také skutečnost, že hrad byl stavěn na křižovatce dálkových cest, svědčí o snaze vyhovět potřebám řádu, u kterého základním povinnostem patřilo pečovat o poutníky do svaté země.Konečně i slohový a stavební průzkum prokázal, že bavorský palác i řadová komenda byly stavěny současně a stavěla je táž huť Za Bavora I. patřily k areálu strakonického hradu bavorský palác, dále románská budova obdélníkového půdorysu v severozápadním rohu nádvoří, řádové budovy, kapitulní síň, konvent a kostelní loď. Bavorský palác stál v jihovýchodním rohu nádvoří, měl obdélníkový půdorys s delší stranou souběžnou s jižní hradební zdí. Začínal na západě hranolovitou věží, která byla zbořená až v 17.století. Zbytky bavorského románského paláce jsou nyní pod úrovní hradního nádvoří. Mezi palácem a řádovou komendou byla mezera. Oba objekty byly snad tehdy odděleny příčnou zdí. Jak byl románský hrad opevněn nevíme. S určitostí lze tvrdit, že byl budován jako vodní hrad, chráněný ze tří světových stran vodním příkopem a řekami Otavou a Volyňkou.

Ve druhé polovině 13.století došlo k raně gotické přestavbě hradu.Na jižní straně a západní straně byla vybudována mohutná hradební zeď a slabší hradba na severní straně podél řeky Otavy.V západní hradební zdi byla postavena věž s břitem. Současně se stavbou věže bylo přestavěno v gotickém slohu první patro bavorského paláce. Z této přestavby je zachován sál s úzkými gotickými okny do hradního příkopu a portálem vedoucím na úzké schodiště, z něhož je přístup na ochoz hradby a do prvního patra hradební věže. V té době byly zaklenuty ambity a přistavěno patro konventu. Nad čtvercovým kněžištěm byla postavena v druhé polovině 13.století mohutná kostelní věž.

Do konce 13.století bylo vybudováno i opevnění komendy a postavena věžová brána při mostu do Menšího města. Během 14.století bylo pravděpodobně přistavěno ke konvenru krátké křídlo po severní straně dnešní brány. V bavorovské části hradu byla rozšířena jeho severní část a opevněna novou hradbou blíže k řece Otavě. Současně byla zřejmě postavena hradní brána a nad ní věž.
Ve 14.století bavorský rod postupně upadal.Jeho država se neustále zmenšovala, zatímco majetek johanitských rytířů rostl. Ve Strakonicích vlastnili dvůr s mlýnem, ulici zvanou Bezděkov, patřily jim poplatky z masných a pekařských krámů, desátek z mlýnů na Otavě a z panských dvorů.Majetek, získaný bohatými odkazy Bavorů i koupěmi, řád stále zvětšoval. Roku 1327 koupil od Viléma Bavora kromě dalších pozemků i ves Kuřimany s nalezišti zlata a roku 1344 rýžoviště tohoto drahého kovu u Horažďovic. Za necelých sto let svého trvání získal konvent 23 vsí v okolí Strakonic, části dalších čtyř vsí, dvory v Lomu a Veřechově. Od českých panovníků získal řadu významných privilegii. Jan Lucemburský vyňal roku 1319 řád ze světské jurisdikce.Karel IV. ho roku 1378 osvobodil od veřejných služebností a placení cla, Václav IV. zprostil strakonické řadové panství placení daní a dávek.

Roku 1359 zemřel Vilém Bavor a strakonické panství získal Bavor IV. z vedlejší blatenské větve.Jeho majetkové poměry nebyly utěšené. Zřejmě i proto záhy po svém nastoupení povýšil roku 1367 Strakonice na město a umožnil strakonickým měšťanům aby se vykoupily z roboty. Vláda Bavora IV. spadá do období rostoucí krize feudální společnosti. Projevovala se i na strakonickém hradě řadou sporů mezi Bavorem IV. a johanitskými rytíři. Roku 1373 vyšetřovala jejich spor arcibiskupská konzistoř. Rytíři si stěžovali, že jim Bavor IV. ukládá příliš velké dávky, Bavor IV. zase poukazoval na to, že jejich chování je zpustlé a nevázané. Bavor IV., o kterém je zmínka ještě roku 1381, byl posledním příslušníkem svého rodu, který držel strakonický hrad.Za jeho nezletilého syna Břeňka se ujal správy panství Lev z Rožmitálu. Roku 1402 koupil velkopřevor Jindřich z Hradce zbylou část panství od nevýznamného rytíře Vikéře z Jenišovic, takže patřilo řádu celé. To určovalo osudy v dalších letech.

Strakonický hrad se stal pevnou baštou katolicismu a oporou protizikmundovské politiky. Není dokladů o tom, jaké byly vztahy strakonických velkopřevorů, ale jistě ne náhodou byli nejbližší sousedé Strakonic, majitelé Řepice a Střely rozhodnými stoupenci husitství.Velkopřevor Jindřich z Hradce se stal po smrti Václava IV. roku 1419 jedním z rádců královny Žofie. Byl zapřisáhlým odpůrcem husitů.V čele svých rytířů a královského vojska se střetl 25.3.1420 s Žižkouvým oddílem u neblahé Sudoměře.V bitvě byl zraněn a na následky zranění zemřel.Žižka 23.4.1420 dobyl město Strakonice a vypálil je. Pokračoval v tažení na hrad Rabí a když jej dobyl a obsadil, vrátil se k Strakonicům, ale strakonický hrad obléhal marně. Po čtrnácti dnech obléhání přerušil. Zřejmě ho k tomu vedla nejen nedobytnost hradu, ale i příprava k vojenskému tažení na pomoc Praze.

Válečné události zasahovaly strakonické okolí po celé 15.století.Jindřicha z Hradce vystřídali ve funkci dva neméně bojovní velkopřevoři, Ruprecht z Lehnice 1423-1432 a Václav z Michalovic 1432-1451. Zejména Michalovic se horlivě účastnil válečného i politického dění své doby.Jeho oddíl bojoval 30.5.1434 v bitvě u Lipan.Společně s Oldřichem z Rožmberka vedl mnohaletou válku s husitskými městy Pískem a Vodňany a s Jarošem z Drahonic v jejich službách.Mír mezi nimi byl dojednán až na zemském sněmu roku 1444.Václav z Michalovic byl i jedním ze zakladatelů a organizátorů strakonické jednoty namířené proti Jiřímu z Poděbrad. Na strakonickém hradě se sešli v únoru 1449 přední jihočeští feudálové, především páni z Rožmberka, z Hradce, ze Švamberka, ale i zástupci měst Budějovice a Plzně a domluvili se na společném postupu proti poděbradské straně.Válka , kterou strakonická jednota vedla s Jiřím z Poděbrad, nebyla pro ni úspěšná a strakonická jednota byla nucena uzavřít roku 1450 mír.

Po smrti Václava z Michalovic roku 1451 se stal velkopřevorem Jan z Rožmberka 1451-1467, který pokračoval v odporu proti Jiřímu z Poděbrad.Byl zároveň i vratislavským biskupem. Roku 1465 se vrátil do Čech a v listopadu se účastnil založení protipoděbradské jednoty zelenohorské.V témže roce se stal strakonický hrad společně z rožmberským Krumlovem dějištěm řady schůzek Jošta z Rožmberka a jeho straníky. Za křižácké výpravy do Čech v roce 1467 stáli strakoničtí rytíři v řadách křižáků. Boje se přenesly opět do blízkosti Strakonic.Roku 1467 obsadilo královské vojsko Mladějovice a strakoničtí johanité byli nuceni uzavřít mír. Také Joštův nástupce, velkopřevor Jan ze Švamberka 1468-1511 patřil k zelenohorské jednotě a byl také za bojů o český trůn mezi Vladislavem II. Jagellonským a Matyášem Korvínem stoupencem uherského krále. Strakonický hrad se stal v té době opět místem politických schůzek. Sjížděli se sem příslušníci Matyášovy strany, poprvé snad už roku 1471.Na počátku roku 1475 rokovali ve Strakonicích ještě před zahájením pražského jednání o mír.

V 16.století došlo k rozsáhlé přestavbě hradu na reprezentační sídlo velkopřevorů. pozdně gotické stavební úpravy z počátku 16.století jsou spojeny se jménem velkopřevora Jana z Rožmberka a týkaly se jižního křídla hradu. V polovině 16.století dal velkopřevor Václav Zajíc z Házmburka vybudovat v renesančním slohu reprezentační místnosti v prvním patře severního křídla, bohatě zdobenou jídelnu a několik pokojů pro významné hosty.zajícovy nástupci, Kraštof z Vartemberka a Matouš z Lobkovic, pokračovali ve vnitřních úpravách velkopřevorského obydlí.

Přestavbou v 16.století byl stavební vývoj strakonického hradu vcelku dokončen.třicetiletá válka zasáhla i strakonický hrad. Při v pádu bavorské jízdy roku 1619 a Švédů roku 1641 byly hrad i kostel vypleněny. K opravám došlo až za hraběte Rudolfa Colloredo-Walsse, který byl velmistrem v letech 1637-1657. Kostel byl opraven a zaklenut. Severní křídlo hradu bylo zpevněno mohutnými pilíři. Při opravách hradu byly sneseny obě hradební věže i věž nad bývalým palácem. Snad současně s opravou opevnění byla postavena půlkruhová bašta při mostu přes Otavu.Ve druhé polovině 17.století se už k žádné větší stavební akci v strakonickém hradě nedošlo. Menší barokní úpravy byly provedeny za administrátora Jiřího Zdeňka z Modliškovic. Konvent se roku 1694 přestěhoval do Prahy a poslední strakonický převor Miguel de Raga věnoval pozornost obnově kostelního mobiliáře.

Stavební ruch ve Stranonicích oživl až začátkem 18.století.Velkopřevor Ferdinand Leopold Dubský z Třebomyslic dal vystavět novou barokní rezidenci dokončenou roku 1715. Za velkopřevora Václava Jáchyma Čejky z Olbramovic , který umírá roku 1754, bylo stavení opraveno.rezidence byla prodloužena dále na jih a v zahradě před ní směrem k Bezděkovu byl přistavěn altán,v němž byly věžní hodiny a pod nimi štukovaný barevný čejkovský erb. Altán byl přístupný z místnosti v prvním patře. Druhý altán byl postaven při bočním křídle rezidence na polokruhovité baště.první patro rezidence spojovala s kostelem krytá chodba. Za velkopřevora Josefa Colloredo Walsse 1791-1818 došlo uvnitř hradu k řadě úprav. V letech 1795-1818 byla v jižním křídle zřízena vrchnostenská kancelář, v budově purkrabství a v prvním patře severního křídla byly byty vrchnosterských úředníků.

Další stavební úpravy v hradním areálu spadají až do druhé poloviny 19.století, kdy byla v těsné blízkosti hradu postavena textilní továrna. Když si její majitel postavil souběžně s velkopřevorskou rezidencí honosný palác, dal tehdejší velkopřevor Othonio Lichnovský z Voštic vystavět vysokou zeď mezi rezidencí a továrníkovou budovou.Zeď měla dvoupatrovou válcovou věž s cimbuřím. Ta byla v přízemí i v patře spojena s rezidencí krytou chodbou. V té době se změnilo i okolí hradu.Velkopřevor František Krakovský z Kolovrat dal přeměnit jižní hradební příkop v letech 1867-1874 na romantický park.

V roce 1925 se stal hrad soukromým majetkem. Noví držitelé zahájili předposlední úpravu v objektu, která skončila v roce 1937. Byla zbořena chodba spojující rezidenci s kostelem a hradební zeď, zrušen park v jižním příkopu a v něm postavena silnice do Pracejovic.Odstraněny byly také hospodářské budovy uvnitř hradního nádvoří a vybourány příčky uvnitř někdejšího velkopřevorova obydlí. Také začala první restaurace nástěnných maleb v ambitech, znovu objevených už roku 1867. Pochybená byla úprava fasády hradu. Kolem západní hradební zdí a věže Rumpálu byl postaven železobetonový ochoz a Rumpál byl o patro snížen. Poslední velká přestavba hradu v letech 1936-9-1940 se týká severního křídla. Byly zčásti zbořeny budovy pivovaru i reprezentační místnosti i na jejich místě postaveny byty pro nacisty. Nešetrná přestavba navždy znemožnila průzkum stavebního vývoje severního křídla hradu.
Po roku 1945 nebyly provedeny větší stavební úpravy v hradním areálu. Začátkem 50,let byly podruhé s nevalným výsledkem restaurovány malby v ambitech.

Dnes na hradě je muzeum, kde si můžete prohlédnout vývoj v tomto kraji i muzeum dudů. Je přístupna i věž Rumpál, jehož návštěvu si však rozmyslete - vede úzkou chodbičkou - dosud nejmenší prostor, který jsem absolvoval