Když v rovině položený Horšov přestával vyhovovat fortifikačním požadavkům doby, začal Jan III. budovat někdy po roku 1258 přímo nad brodem přes řeku Radbuzu, na jejím levém břehu proti kupecké osadě, na výběžku hřbetu pahorkatiny raně gotickou falc, která se podobala svou pravidelností tehdejším královským hradům, zejména Písku. Falc byla postavena na téměř pravidelném čtyřúhelníku dlouhém asi 69 m a širokém 50 m. Na jižní straně ji chránila stráň prudce se svažující k řece, na západě zase stráň sklánějící se ke Zlatému potoku, tekoucímu od severu do Radbuzy, ale na severu a východě musela být uměle chráněna příkopy a valy. Její zdi dosahovaly třímetrové šíře, pouze směrem k řece byly dvoumetrové. Do hradu se vcházelo branou po padacím mostě v místech dnešního vstupu. Tento příchod do hradu po Pražské cestě střežila čtverhranná hradební nárožní věž, která stála vlevo od brány a byla 9,5 m široká a 7,5 m hluboká. Vedle této věže stála u jižní hradby nízká budova purkrabství. Obytná část honosného paláce stála na západě, byla dvoupatrová a 13 m široká. Stejně široká byla i věž na jižní straně obytné budovy, stojící přímo nad brodem přes Radbuzu, do jejího přízemí se mohlo vstoupit pouze otvorem v křížové klenbě. Vedle věže byl v přízemí falce přes 4 m široký průjezd, opatřený na západní straně v bráně vytahovací mříží.

Z původního biskupského paláce se zachovaly tři přízemní místnosti s podlahami, které jsou dnes 2 m pod úrovní nádvoří a sousedního průjezdu. První velká síň dostala křížovou klenbu o šesti polích a ve středu dva mohutné osmiboké pilíře. V podobné sousední, ale menší místnosti vedlo schodiště do prvního patra. Třetí místnost, která uzavírala půdorys západního křídla falce, měla valenou klenbu a byla přistavěna o něco později.

V prvním patře jižní věže horšovskotýnecké falce byla obdélníková, trojlodní kaple Nejsvětější Trojice z doby kolem roku 1260-1270, její nejvzácnější prostor mimořádně umělecké hodnoty a působivosti. Přestože byla kaple velmi porušena renesanční přestavbou po požáru v roce 1547, zachovala se z její původní podoby podstatná část. Celkově lze biskupskou falc v Horšovském Týně, dokončenou někdy kolem roku 1270, hodnotit podle složitosti a obtížnosti jako mimořádnou stavbu v celé české středověké architektuře, která se v mnohém může měřit s královkými hrady Zvíkovem a Bezdězem. Pražský biskup Jan III. z Dražic ji dal vybudovat domácí českou stavební hutí, která byla silně ovlivněna burgundským stavitelstvím 13.století a stavbami rakouského Podunají, ale i klasickou francouzskou gotikou. Podle společných stavebních znaků lze usuzovat, že tato huť stavěla u nás také v Domažlicích, Klatovech a Pivoní.

Nový hrad střežil cestu při přechodu přes řeku a zároveň se stal sídlem politické i hospodářské správy biskupského majetku. Od samého počátku se nazýval Horšovský Týn podobně jako nové město, které vzniklo na pokyn biskupa Tobiáše z Bechyně někdy v letech 1286-1296, při jeho východním opevnění, pro odlišení od starého Týna za řekou i ostatních Týnů. Na novém hradě pobývali pražští biskupové se svým dvorem pouze občas, jako tomu bylo například v roce 1312, kdy zde Jan IV. z Dražic rozsuzoval spory týnských církevních hodnostářů, mimo jiné i zdejšího arcijáhna, který po vybudování hradu přenesl své sídlo z Horšova do Týna ke kostelu Panny Marie. Trvale sídlil na horšovskotýnském hradě jeho purkrabí, který spravoval nejen hrad, ale i rozsáhlé panství.Pražští biskupové od roku 1344 si vybírali jako purkrabí na nový hrad většinou šlechtice. Prvním známým purkrabím zde byl Zbyněk z Osvračina, který se připomíná v roce 1331 a jeho potomci se později stali i držiteli hradu.

Další stavební práce se prováděly na hradě podle kronikáře Beneše z Veitmile v polovině 14.století za prvního pražského arcibiskupa Arnošta z Pardubic, který také dal nové město obehnat hradbami, které navazovaly na hradní opevnění. Také za arcibiskupa Jana z Jenštejna v letech 1379-1396 se na hradě stavělo.V podobě, jakou získal ve 13.století, přetrval biskupský hrad i husitství. Arcibiskup Konrád z Vechty v letech 1413-1431 sem zavítal alespoň jednou a dal podnět k opravě kaple. O hrad se jinak staral do roku 1417 purkrabí Jan ze Sobětic, který byl také podkomořím pražského arcibiskupství a půjčoval svému pánovi peníze. V roce 1418 potvrdil arcibiskup Konrád z Vechty výsady horšovskotýneckým měšťanům, ale ti přestali být věrní, jakmile přešel ke straně podobojí.
Někdy za Konrádovy vlády se stal purkrabím na zdejším hradě horlivý katolík Zdeněk z Drštky. Za jeho správy husité hrad v letech 1422 a 1431 obléhali, ale ten vždy odolal jejich náporu. Zdeněk se stal císařovým věřitelem a od roku 1426 zástavním držitelem Horšovského Týna, přestože se nazýval pouze jeho purkrabím. Církvi zdejší zboží nevrátil. Účastnil se bitvy u Lipan v roce 1434 a brzy potom válčil s okolními šlechtici a Domažlickými proti Bavorům. V roce 1438 vystřídal Zdeňka v purkrabském úřadě a v zástavní držbě Horšovského Týna jeho strýc Zdeněk Kolvín z Ronšperka, který patřil mezi stoupence bavorského knížete Albrechta, kterého část šlechty chtěla dosadit na český trůn. Přesto se Kolvín účastnil bojů Plzeňského kraje proti Bavorům, které skončily v roce 1445. Někdy v této době zemřel a jeho nezletilí synové Dobrohost a Břeněk z Ronšperka o horšovskotýnské panství přišli.Král Ladislav Pohrobek je udělil zvláštním majestátem z roku 1456 pražské kapitule, která o jejich vrácení dávno usilovala.

Jiří z Poděbrad krátce po nastoupení na český trůn si chtěl zavázat Dobrohosta z Ronšperka a proto mu dal do zástavy hrad, město a panství Horšovský Týn po zaplacení 2000 kop grošů českých. Dobrohost se však stal v roce 1465 předním členem odbojné zelenohorské jednoty a jako mluvčí se vydal za papežem Pavlem II. a císařem Fridrichem III.Bojoval s Domažlickými, volal na pomoc německé křižáky a dostal se i do války s Bavory, když pomáhal knížeti Otovi.Král Matyáš Korvín jmenoval Dobrohosta svým nejvyšším prokurátorem, ale ten se stal nakonec v roce 1479 stoupencem krále Vladislava II. Jagellonského. Dobrohostovi synové se brzy o otcovo zboží rozdělili a horšovskotýnský hrad připadl napolovic Jiříkovi a Volfovi. Po Jiříkově smrti před rokem 1515 byl jediným zápisným pánem na hradě Volf z Ronšperka, který však utlačoval své poddané a omezoval i svobody horšovskotýnských měšťanů. V roce 1530 se ovdovělý Volf podruhé oženil, přestože mu už bylo skoro 60 let. Jeho manželkou se stala Kateřina z Lobkovic, díky tomu se hrad dostal do rukou Lobkoviců. Zasloužil se o to zejména Kateřinin bratr Jan mladší Popel z Lobkovic, který půjčil značné částky peněz králi Ferdinandovi I. a dosáhl toho, že mu bylo ještě za života Volfa v roce 1539 horšovskotýnecké panství dědičně prodáno za 8482 kop grošů českých, přestože bylo nutné překonat několik právních zábran.
Lobkovicům se tak dostalo do rukou západočeské zboží, které patřilo k hradu.Jan mladší Popel z Lobkovic rozmnožil výsady horšovskotýneckých měšťanů. Umírá roku 1570, Za Jana se prováděla přestavba vyhořelého hradu v několika etapách. Chtěl vytvořit pohodlný renesanční zámek, který měl mít kolem všech stran někdejšího nádvoří. Nejdříve byla přestavěna západní gotická falc zničená požárem.

Ve druhé etapě v letech 1557-1558 dal Jan postavit celé nové vstupní křídlo na východní straně zámku včetně průjezdu a bran. Ve třetí fázi renesanční výstavby vzniklo úzké severní křídlo, které spojovalo starou falc s novým vstupním traktem. Jan z Lobkovic byl v roce 1570 pochován v horšovskotýneckém farním kostele. Jeho statky nejdříve spravovala třetí manželka Alžběta z Roggendorfu, ale v roce 1574 předala vládu nad Horšovským Týnem a Tachovem staršímu synovi Kryštofovi, který předtím studoval v Bologni a vykonával službu na španělském královském dvoře. V roce 1587 dosáhl plnoletosti jeho bratr Vilém starší Popel z Lobkovic se kterým se Kryštof rozdělil o otcovy statky a ponechal mu Horšovský Týn. Za Viléma byla dokončena renesanční přestavba zámku. Kolem roku 1600 bylo také dostavěno renesanční purkrabství na západním dvoře. Za stavovského povstání v letech 1618-1620 byl v květnu 1618 zvolen jedním ze třiceti direktorů a v roce 1619 byl proti přijetí Ferdinanda II. na český trůn a za krále Fridricha Falckého zastával úřad nejvyššího hofmistra. Po prohrané bitvě byl Vilém vězněn a odsouzen k trestu smrti. Díky přímluvě strýce Zdeňka Vojtěcha, měl doživotní trest do roku na Pražském hradě a pak až do smrti do roku 1626 na zbirožském zámku.Horšovský Týn získal štýrský hrabě Maxmilián z Trautmannsdorfu, který v roce 1622 koupil všechny Vilémovy statky.

Jeho prvorozený syn Adam Matyáš dostal v roce 1650 po otcově smrti horšovskotýnské panství.Adamův pravnuk František Norbert, který umírá 1786 horšovskotýnecké panství dále rozšířil.Drobné přestavby prováděli na zámku i Trautmannsdorfové. Z větších to byla přístavba kastelána a srkády se zasklenou chodbou v prvním patře falce ve druhé polovině 17.století, výzdoba kaple kolem roku 1700 a úpravy pokojů jižního křídla zámku ve druhé polovině 18.století.

Od roku 1786 patřil Horšovský Týn Ferdinandovi Trautmannsdorfovi, který byl od roku 1787 místodržitelem v Nizozemí a později ministrem ve vídeňské vládě.Ferdinand zemřel v roce 1827 a za dalšího Ferdinanda začaly na zámku kolem roku 1880 větší úpravy, které svěřil architektu profesoru Josefu Schulzovi.Trautmannsdorfům náležel zámek do roku 1945, kdy se stal majetkem československého státu. Dnes jej spravuje Krajské středisko státní památkové péče a ochrany přírody v Plzni.