V roce 1355 král Karel IV. povolil na žádost rožmberských bratří Petra,Jošta, Oldřicha a Jana za jejich pomoc při korunovačním tažení do Říma k postavení nového hradu na vrchu Malošíně. Stavba hradu pokračovala poměrně rychle, už roku 1357 byl jmenován první purkrabí Jaroslav, který patrně dohlížel na práce. Roku 1364 se mluví o Helfenburku výslovně jako o hradu, takže lze předpokládat, že v tom to roce byla stavba alespoň v hrubých rysech dokončena.Práce pokračovaly a to je patrné v upřesnění na kamenné alianční znaky Jana z Rožmberka a jeho ženy Elišky Z halsu zasazené v předhradí třetí brány a ve zdi paláce. Neklidné politické zápasy ve 14. a 15.století zanechaly své stopy také na na hradu Helfenburka.

 V období prohlubující se roztržky mezi pražským arcibiskupem Janem z Jenštejna a králem Václavem IV. poskytl hrad v letech 1384-1397 arcibiskupovi bezpečný útulek před odchodem do Říma. Když Jan z Rožmberka na naléhání papežského legáta Rovarelly přistoupil v roce 1468 k jednotě zelenohorské a okolí města věrná králi Jiřímu z Poděbrad zahájila proti Helfenburku drobnou válku, nařídil Rožmberk purkrabímu na hradě, aby opatřil 60 střelců na zesílení hradní posádky. V roce 1475 je hrad prodán Janovi ze Švamberka, který jej o tři roky později prodal Václavu Vlčkovi z Čenova. Tento proslulý válečník byl horlivým stoupencem krále Vladislava II. Jagelonského a vytvořil z Helfenburka vojenskou základnu z níž podnikal výpady a tažení proti přívržencům uherského krále Matyáše Korvína.

 V roce 1484 hrad koupil Jindřich Pryšenek ze Štetenberka. V roce 1503 vyplatili Rožmberkové panství od Jindřichova syna Oldřicha Z Hardeku a stali se znovu majiteli hradu. Od počátku 16.století význam hradu po stránce vojenské upadal, posádka se zmenšila a purkrabí se postupně stával hospodářským úředníkem. Úpadek pokračoval za posledních Rožmberků, zejména když Vilém z Rožmberka nechal v 80.letech 16.století nedaleko odtud postavit zámek Kratochvíli a úřednici přesídlili do Netolic. V roce 1593 prodal Petr Vok z Rožmberka hrad Helfenburk již jako pustý městu Prachaticím. Na hradě občas bydlel hajný a okolní obyvatelstvo rozebíralo postupně ruiny na stavbu svých obydlí. V roce 1622 získali panství i zpustým hradem jako pobělohorský konfiskát Eggenberkové a od nich v roce 1719 Schwarzenberkové, kteří jej vlastnili až do roku 1922.

 Po první pozemkové reformě po roce 1928 se stala zřícenina hradu vlastnictvím československého státu. Roku 1936 byly zajištěny části zdiva a provedena konzervace zdí. v roce 1977 byla strážní věž upravena na rozhlednu.Dnes jedna z nejkrásnějších zřícenin hradu, která čeká na Vaši návštěvu.
POVĚST:
Říká se , že na hradě je ukrytý poklad, hlídaný černým havranem. Prý to je samotný ďábel a z cenností vychází namodralá záře. Objevit ji můžete pouze v květnovou neděli.