Hrad pravděpodobně začal stavět Diviš Bořek z Miletínka a to v roce 1421 a skončil někdy kolem roku 1423.Jeho obvod tvořila hradební zeď, přerušená na severní straně věží s valeně klenutým průjezdem, kterým se vcházelo na nádvoří. Protože vstupní hrobitá brána věže neměla padací most, byl vstup pravděpodobně chráněn předhradím.Přístupová cesta ke hradu vedla po severním svahu hory v protáhlé smyčce, která se v prostoru pod hradním palácem náhle prudce obracela k západu a přes toto chráněné předhradí se lomila do vstupní brány věže. Toto uspořádání hradu odpovídá podle D.Menclové běžné zemanské tvrzi nebo hrádku s nadměrně velkým předhradím.Jiného názoru došel na základě stavebně historického průzkumu D.Líbal, který se domnívá, že hrad je staršího data a byl založen již v době předhusitské.

Hrad je pozoruhodný svou rozlohou i rychlostí s jakou byl vystavěn. V době stavby hradu byl Diviš Bořek z Miletínka chudým zemanem.V následujících letech se přidal k pražanům a v roce 1434 jako nejvyšší hejtman panské jednoty a pražanů , porazil táborsko-sirotčí polní vojska v bitvě u Lipan. Po smrti Diviše Bořka z Miletínka zdědil nejstarší syn Soběslav Mrzák z Miletínka. Protože byl věrným přívržencem poděbradské strany, potvrdil mu Jiří z Poděbrad v roce 1459 držbu tohoto majetku do konce života. Již v roce 1465 převedl Jiří z Poděbrad Kunětickou Horu na své syny. Po smrti Jiřího z Poděbrad v roce 1471, zdědil panství s hradem Jindřich z Minsterberka. Když koncem 80.let 15.století došlo ke sporu mezi Jindřichem z Minsterberka a synem Soběslava Mrzáka z Miletínka o výplatu Kunětické Hory, zněl rozsudek krále Vladislava II. z roku 1489 ve prospěch Jindřicha z Minsterberka, protože výsada, že nikdo nemá právo vyplatit Kunětickou Horu, platila jen pro Soběslava z Miletínka.

Od počátku 80.let byl nucen zadlužený Jindřich z Minsterberka zastavovat věřitelům jednu ves za druhou až konečně se v roce 1490 začalo jednat o prodej celého panství Vilémovi z Pernštejna. Smlouva o postoupení Kunětické Hory byla uzavřena v roce 1491 a listinou krále Vladislava II. Jagellonského bylo Vilémovi z Pernštejna a jeho synům držení Kunětické Hory potvrzeno. S příchodem nového majitele začala ve stavebním vývoji hradu nová a významná etapa. Nejdříve se přestavoval palác a hlavní práce na něm byly podle data na vstupním portálu průjezdu skončeny v roce 1509. Původní zdivo paláce bylo sneseno až na úroveň podlahy prvního patra a obě horní poschodí byla postavena znovu. První patro bylo rozděleno na tři místnosti, osvětlované z nádvoří z nichž jen prostřední se otevírala k severu dodnes zazděnou brankou. Celé horní patro tvořil velký sál s krbem a dvěma arkýři. Na protější jižní straně bylo přistavěno nové obytné křídlo. V přízemí nové budovy paláce vedle křížově klenutého průjezdu, který obě křídla spojoval na východní straně, byla vystavěna velká čtvercová síň zaklenutá do pilířového sloupu.Mezi ní a okrouhlou věží vyrůstala zaklenutá arkáda otevřená do nádvoří. Nad arkádou se zdvihala také dvě poschodí.

Oba sály v těchto protilehlých křídlech spojovala ve výši druhého patra krytá chodba, která je ve zbytcích i dnes zachovaným pásem. Obraz přestavby doplňuje kaple svaté Kateřiny, přistavěná k severním hradební zdi.Ve stavebních úpravách se pokračovalo i po roce 1509, zvláště za Jana z Pernštejna 1521-1548. Nejpozoruhodnější součástí nového opevnění Kunětické Hory byly pernštejnské koridory tři velké předsunuté bašty. Poslední větší stavební úpravy na Kunětické Hoře provedl po požáru , který v roce 1556 způsobil blesk Jaroslav z Pernštejna. Byl také posledním majitelem Kunětické Hory z pernštejnského rodu. Pro velkou zadluženost byl nucen prodat panství v roce 1560 arciknížeti Maxmiliánovi, synu Ferdinanda I. Údržba hradu se stala spíše zátěží a ve 20.letech 17.století se píše ve zprávě o sešlých krovech nad dvorskou světnicí, které potřebují opravu i o špatném stavu druhé věže, zvané Čertova. Tato věž stávala na západní straně hradu mezi hospodářskými staveními vedle západní bašty. Zmizela po roce 1884, když vylámaný kámen z lomu narušil její základy.

V roce 1645 švédský generál Torstenson po neúspěšném obléhání Pardubic obrátil ke Kunětické Hoře, bylo její dobytí snadnou záležitostí. Po zpustošení Švédy nebyl již hrad obnoven ani opraven, tak Balbín označil Kunětickou Horu v roce 1681 za pustý hrad.V roce 1697 navštívil Kunětickou Horu tehdejší královéhradecký biskup Jan František z Talmberka, který chtěl obnovit kapli svaté Kateřiny na svůj vlastní náklad.Kaple byla nakonec opravena z prostředků české královské komory. Druhá kaplička byla postavena někdy v rozmezí let 1698-1719. V dalším popisu pardubického panství z roku 1796 se jeví stav Kunětické Hory jako beznadějný.V roce 1820 navštívil hradní zříceninu císař František I. a o něco později také arcivévoda Ferdinand. Panovník sice při své návštěvě rozhodl, že hrad se musí opravit, ale jednání o tom skončilo v roce 1825 bez výsledku. Obnovena byla pouze hradní kaple, střecha nad velkou síní a nově byly zřízeny dřevěné schody k věži. V roce 1858 nařídilo prezídium místodržitelství, aby byl vyřešen stav hradu a navržena jeho obnova.již příštího roku se přikročilo k některým úpravám, nejdůležitějším opatřením však byl zákaz rozšiřování lomu na straně k hradu.

Když bylo pardubické panství prodáno v dražbě Privátnímu rakouskému úvěrnímu ústavu, v lámání kamene se pokračovalo, protože nový majitel se předchozím zákazem necítil vázán.České místodržitelství bylo nuceno pro četné stížnosti svolat komisi, která v roce 1876 konstatovala, že hrad je sice zříceninou, ale jeho zachování je nutné. Ale ani tento závěr jednání však nepřinesl žádoucí výsledek, protože když panství v roce 1881 koupil vídeňský průmyslník Richard Drasche, svobodný pán z Wartinberka, začalo další bezohledné lámání kamene v lomu bez jakéhokoliv ohledu na případné ohrožení zřícenin hradu. Když se v roce 1884 zřítila část parkánu i s budovami někdejších sýpek a následujícího roku zmizel i triangulační bod, začal se Muzejní spolek v Pardubicích podporovaný Klubem českých turistů domáhat toho, aby lámání kamene bylo zastaveno.V roce 1887 byl sice zrušen lom, ale jednání s R.Draschem o uzavření jeho lomu bylo ukončeno až 4.1.1920, kdy se Kunětická Hora stala majetkem Muzejního spolku.

V roce 1919 bylo pro záchranu hradu založeno Kunětické družstvo.Od roku 1921 byla rekonstrukce sklípkové klenby ve velké čtvercové síni, která byla provedena podle návrhu stavitele Antonína Žabky. V roce 1922 se uskutečnilo v jižním křídle hradu další úpravy, byl obnoven strop nad síní prvního patra a osazena některá ostění oken a portálky. Rekonstrukce hradu byl svěřen architektu Jurkovičovi, který na něm pracoval v letech 1923-1928 společně s architektem Paclem.Realizace oprav byla jen z části a to zastřešení páté hradní brány , úprava a zastřešení šesté brány.Po druhé světové válce se v rekonstrukci hradu nepokračovalo. V roce 1950 byl také narušen zbytek severní bašty v místech , kde bylo plánováno zřízení lyžařského můstku. V letech 1954-1956 byl při stavbě vodojemu zničen úsek hradeb mezi první a druhou bránou.

Dnes se na hradě Kunětická Hora pokračuje v rekonstrukci a zastřešení další budovy.